プログラミング言語"Perl"の商標登録について』(Japan Perl Association運営ブログ),

まず プログラミング言語「Perl」を自社製品、サービスに対して使用することについてはなんの問題もございませんし、それを使って作られた製品を使用・開発することに対して使用料等が発生することはありません。
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気をつけるべきは会社名や製品名、名刺や看板に"Perl"という単語をそれだけで載せているような場合です。このような場合には前記法人が権利を主張する事が可能となる場合がございます。