『.xinitrc中でのxmodmapの実行』(FreeBSD-users-jp ML)の件，Laptop PCのXorgを7.3に更新したときに私も嵌まった．

CtrlキーとCaps Lockキーを入れ換えたいだけなので，xorg.confのInputDeviceセクションに，

Option      "XkbOptions" "ctrl:swapcaps"

を書いて誤魔化しているけど…